A Mórágyról első írásos emlékként fennmaradt latin nyelvű okirat a falut „Silva regalis Mooragy”, azaz Királyi erdő Mórágy néven említi. Az oklevél 1267-ben keletkezett. Ez alapján nem tudni, hogy ebben az erdőben laktak-e vagy csak egy-egy hajtóvadászaton fordultak meg a nagyurak. A falu az 1400-as években a bátaszéki apátság birtoka volt.

Mórágy földjére először 1526-ban érkeztek török csapatok. Ekkor a falut körülvevő erdőrengeteg menedéket nyújtott ugyan a lakosságnak, de házaikat felégették, jószágait elhurcolták. A mohácsi vész után két hatalom megszállása alá került a falu, az egyik oldalon az új megszállók, a másikon a magyar földbirtokosok. 1618-ban, amikor Mórágy már a bátai apátság birtoka volt, a falut nagyrészt rácok lakják.

Mórágy földesura, Kún Ferenc megelégelte a rácokkal folytatott harcot és 1724-ben rászánta magát a falu német betelepítésére. Mórágy őslakóinak nyomós oka volt, hogy otthagyják addigi életüket. Az óhazának rossz volt a gazdasági helyzete, valamint a túlnépesedés és a háborús viszonyok váltották ki az emigrációt. A német telepesek többsége Pfalzból érkezett. Az óhaza néhány községe Ostertalban található, mint például Niederkirchen. Érdekes, hogy elődeink hasonló települést építettek, mint ahonnan eljöttek.

1784-ben a falu neve Moracz-ként jelenik meg egy katonai térképen. Ekkor már áll a református templom és a községháza, valamint öt malom. Ekkor 144 épülete és 930 lakosa volt a településnek. Az ipar fejlődése maradandó nyomott hagyott a falu életében. A lakosság számához mérten a völgységi járás egyik legiparosodottabb faluja volt a II. világháborúig. Viszonylag kevés volt a fa-, kovács-, kerámia- és szövőipara, de meghatározó jelentőségűvé nőtte ki magát az építőanyagipara: a kismórágyi kőbányák, a mészégetők, a téglagyárak, valamint a malomipar. A kismórágyi pályaudvaron ezekből kifolyólag felépült a vasúti pályaudvar és a mérlegház, később pedig a falu vásártere.

A II. világháború megtizedelte a falu lakosságát. Az orosz fronton 96 mórágyi katona vesztette életét. A német megszállás után pedig az orosz megszállás következett. A magyar kormány 1945. december 29-i kitelepítési rendelete alapján csaknem 1500 személyt, a falu németajkú lakosságának 88%-át telepítették Németországba. A „kiürült” faluba, hasonlóan hányatott sorsú felvidéki magyarokat, erdélyi székelyeket, valamint Sarkad környéki magyarokat telepítettek.

A település ma már iskolával, óvodával, állandó orvosi- és gyógyszer ellátással, kihelyezett rendőri megbízottal, rendszeres kulturális élettel rendelkezik, folyamatos az idősek szociális ellátása, az infrastruktúra teljes mértékben kiépített. Az egyre szépülő házak, a sok virág, a fiatalok itthon maradása, letelepedése mind arra utal, hogy az évezredek óta létező falu töretlenül írja tovább történetét.